Diplômés de l'académie. Ils ont démontré la capacité de devenir un ninja et sont compétents dans les techniques de base. Ils sont divisés en groupes de 3 et affectés à un juunin. Ils accomplissent ensuite des missions plus ou moins difficiles.

Ils ont passé l'examen chuunin : une épreuve théorique, une épreuve d'orientation et survie en équipe, puis des matchs entre concurrants. L'intellect et la force d'un gennin sont jugés par les Kages et les seigneurs qui président le tournoi. Le grade de chuunin est plus honorifique qu'autre chose, mais cependant indispensable pour pouvoir enseigner ou devenir juunin.

Les chuunins qui ont montré des capacités extraordinaires deviennent juunin. C'est un rang élevé réservé à l'élite des ninjas. Les juunins réalisent des missions difficiles (rang A ou B) portant souvent sur un assassinat, un vol, ou dans certains cas, le rassemblement d'informations. Un juunin se voit attribuer une équipe de 3 jeunes gennins qu'il va devoir former.

Un juunin qui se spécialise dans un domaine spécifique. Morino Ibiki, par exemple, est chef de l'unité d'interrogation et de torture de Konoha. Anko est une juunin spécial en raison de sa connaissance sur l'émergeant et dangereux village du son. Les anbus sont également des juunins spéciaux.

C'est une division de juunins créée pour servir de garde personnelle du Hokage. Ce groupe s'occupe des missions les plus perilleuses : assasinats, escortes, etc... C'est l'élite des ninjas. Kakashi a lui-même été par le passé un membre d'Anbu. Pour des raisons de sécurité, les anbus gardent l'anonymat, et portent des masques.